“我管理，你服从”的管理模式常常导致在执行过程中出现非议和抵制，甚至出现管理者与被管理者的对立情绪。如2003年5月，某高校公布了《教师聘任和职务晋升制度改革方案》（征求意见稿），一石惊起千层浪，这本是校园内的一个局部性的改革方案，却引起了社会的强烈反响，新闻媒体做了广泛报道，许多大陆、香港与海外的学者都参与讨论，并引起激烈争论。校内更是议论纷纷，反对声不绝于耳。制度改革的内容正确与否姑且不论，仅从制度的产生过程来看，征求民意就远远不够。有鉴于此，现代大学的制度建设要求管理者在制订规章制度时把“为人性”和“人为性”结合起来，在实施过程中把原则性和灵活性结合起来，强化制度的指导和建议功能，弱化制度的命令和限制成分，使校园制度沉淀和内化为一种有约束力并能普遍认同的道德规范和制度文化，实现由“他律”到“自律”、由“规约”到“自约”的转变。 从制度文化的最高层面看，现代大学制度的核心是自主办学和学术自由的价值观念，它是崇尚科学、追求真理的前提和条件。如何处理好学术权力和行政权力的分离，校长治校和教授治学的分工也是现代大学制度建设的关键所在。大学自治和学术自由是西方现代大学固守其办学传统的两个最力显著的特征，也是西方现代大学生存的前提和发展的保障。在大学自主办学方面最有名的一个事例就是英国布莱尔政府干涉牛津大学自主招生被拒绝的事件。有一名叫劳拉·斯彭斯北爱尔兰女生报考牛津大学，笔试成绩非常优秀，但在面试时由牛津大学教授组成的专家评审团认为该生不适合从事科学研究而遭到淘汰，这件事经媒体报道后，最后惊动了布莱尔首相，作为牛津校友的他亲自来找老朋友牛津大学校长罗伊·詹金斯，请求通融一下。但牛津大学校长婉拒了布莱尔首相的请求，说牛津的办学传统就是教授治学，在招生问题上学校要尊重教授的面试决定，不能干涉教授的选择自由。最后，布莱尔感到十分尴尬，悻1障地说：“牛津大学真是太刻板了，应该与时俱进，进行变革了。”
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